您好，合作开发的软件进行著作权登记的，可以分为两种情况：

1、由两个以上的自然人、法人或者其他组织合作开发的软件，其著作权的归属由合作开发者签订书面合同约定，规定著作权归一人所有，计算机软件著作权登记证书上将只显示一个著作权人名称。

2、可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理，申请者签章时只需由此著作权人签公章。著作权人协商不一致的，任何著作权人均可在不损害其他著作权人利益的前提下申请登记，但应当注明其他著作权人，在计算机软件著作权登记证书上可以同时写上其他著作权人名称。

著作权人是多方的，著作权人可以申请要多个证书，其中一个为正本，其余的是副本。证书的正本和副本数额不能超过著作权人的数量。