1、申请的主体不同，著作权归属不同：公司名义申请该版权归公司所有；个人名义申请该版权归个人所有。

2、申请提交的主体资格证明文件不同：公司名义申请需提供营业执照复印件；个人名义申请需提供身份证复印件。

3、保护期限不同：个人名义申请的软件著作权， 保护期为自然人终生及其死亡后50年；软件是合作开发的，截止于最后死亡的自然人死亡后第50年的12月31日。法人或非法人组织的软件著作权， 保护期为软件首次发表之后50年，但软件自开发完成之日起50年内未发表的，不再保护。