小盾知识产权法务顾问回复：

香港公司可以在中国大陆办理计算机软件著作权的申请。

根据中国计算机软件著作权登记规定办理即可。

如委托小盾知识产权代理机构代为办理的：

办理的时候需提交的文件包括：

1、申请表；

2、委托书；

3、源代码；

4、操作说明书；

5、主体资格证明文件。

应提交注册登记证书和有效期内的商业登记证书正本复印件，并需经中国司法部委托的香港律师公证，并且申请时需提交公证或认证的证明文件原件。